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6月5日，菲律宾外交部发表声明称，菲中双方公务船均已从黄岩岛泻湖内撤离。菲外交部同时表示，该方将继续与中国保持协商，以“解决有关黄岩岛的其他遗留问题”。外交部发言人刘为民5日就此事表示：中国公务船一直在黄岩岛海域根据现场执法、管理和服务的需要，进行部署和值守。
刘为民称中方正就妥善解决事态与菲方直接沟通。据了解，黄岩岛泻湖内已没有菲方公务船只。中方渔船在泻湖内的作业状况正常，没有再受到干扰。
菲律宾外交部发言人劳尔·赫尔南德斯还向菲媒表示，在黄岩岛环礁湖（中国称为泻湖）海域内，已经没有中国及菲律宾的政府船只，但仍停留有30艘中国渔船。他说：“环礁湖海域外还有8艘中国政府船只以及2艘菲律宾政府船。”
中国外交部就黄岩岛事件多次表示，黄岩岛是中国的固有领土，不存在提交国际海洋法法庭的问题。中方敦促菲方尊重中方的领土主权，早日恢复黄岩岛海域的和平安宁状况，为维护南海和平稳定和中菲关系大局作出努力。
据菲律宾《每日问讯者报》4日报道，菲律宾总统阿基诺三世4日与到访菲律宾的美军参谋长联席会议主席马丁·邓普西举行了会谈。菲律宾外交部长德尔罗萨里奥称，双方就两国的国防和安全合作进行了讨论，并就帕纳塔格礁(即我黄岩岛)的冲突事件进行了广泛的讨论。邓普西重申，将对菲律宾在南海展现“最小程度的防御姿态”提供支持，并表示，美国政府支持和平解决中菲两国在黄岩岛的冲突。
这是邓普西首次到访菲律宾。菲官员称，由于阿基诺需要为出访做准备，双方的会谈只持续了20分钟。4日下午，阿基诺启程前往英国，开始对英国进行三天的正式访问。随后，阿基诺将出访美国，预计于12日返回菲律宾。
菲律宾外交部助理部长帕兹1日称，随着美国把注意力重新转向亚太地区，阿基诺会与奥巴马谈及“菲律宾(与美国)在亚太地区的配合”。
