有关泉州九日山摩崖石刻石佛亭保护工程的修缮方案，国家文物局也提出了修改意见：性质应属于现状整修，工程范围限于石佛亭屋面防渗处理；石材清洗、封护必要性不足，不得实施；墙体裂缝已基本稳定，不得开展墙面加固等工程措施。

国家文物局还要求，要对屋面进行清理勘察，详细评估其残损情况和渗漏问题，再提出有针对性的措施。

对于如何建立长效机制方面，国家文物局要求省文物局督促有关单位制订并实施九日山摩崖石刻的岁修保养制度，加强对其巡视和维护，及时消除病害及隐患。